Das Ende des Iran-Irak-Krieges und der Tod des Ayatollah Khomeinis im Jahr 1989 fürhte zu einem Wendepunkt in der Entwicklung des Iran. Die politische und religiöse Macht lag nicht mehr in nur einer Hand.

Die wirtschaftliche Liberalisierung führte allerdings zu schweren Rückschlägen, besonders der Abbau von Subventionen führte zu Unruhen in der Bevölkerung.

Die bis dahin guten deutsch-iranischen Beziehungen wurden 1997 durch den "Mykonos-Prozeß" schwer belastet. Die iranische Staatsführung wurde als Drahtzieher eines Mordanschlags bezichtigt, die EU-Staaten riefen ihre Botschafter aus dem Iran zurück. Der Streit wurde im November 1997 mit der Rückkehr der Botschafter beigelegt.

Eine weitere Phase der Entspannung leitete Präsident Khâtami im März 1999 ein, als er als erstes Staatsoberhaupt seit Gründung der Islamischen Republik 1979 Italien und den Vatikan besuchte.